介紹: Ultimate X-Men (1-39) 第1-39期是由Mark Millar(Civil War, Wanted)編寫故事，主要由Adam Kubert繪畫。Magneto是一個恐怖份子，他相信異變人比普通人類優越，而兩者不能共存，必須把所有人類殺死。而Professor Xavier的X-Men則擁有相反的理念，極力在這個歧視異變人的世界內，找尋共存的方法和空間，以行動幫助人類去改變他們對異變人的想法。 在一開始時，異變人是被巨型機械人Sentinels所追捕的，而X-Men有一所學校，他們出動去把Robert Drake(Iceman)救回來。第二個目標就是狼人Wolverine，不過他原來是Magneto派去刺殺Professor的，Wolverine混入X-Men後，和Jean Grey相戀，最後更改邪歸正成為X-Men一員。一直暗戀Jean Grey的Cyclops因此而離去，被Magneto的Brotherhood of Mutants收留，不過他其實是故意混入Magneto身邊，最後Professor將Magneto殺死。 Wolverine本是Weapon X計劃的成員，那是軍部一個製造超級士兵的組織，在Magneto死後攻入X-Men學校內，把所有人捉回去，在他們體內放入微型炸彈，強逼他們執行任務。最後連Wolverine也被擒，不過他體內有追蹤器，原來他和Quicksilver及Scarlet Witch等人合作，最後救回眾人。 下一個故事講述Professor的兒子David(Legion)出走了，他也是異變人，能力是他的思想可從一個人的身體跳到另一個人身上把他控制。故事介紹了Betsy Braddock(Psylocke)，她是英國的STRIKE部隊，在行動中David控制了Psylocke的身體，結果Psylocke被殺死，不過後來有說到她的思想亦跳到了一個華人的身體內。跟著一直贊助Professor建立學校的組織Hellfire Club登場，不過他們真正的目的，是要讓Jean Grey體內的神Phoenix God釋放出來，結果Phoenix力量真的出現了，卻把所有Hellfire Club成員殺死，救回一眾X-Men。另一方面，原來Professor並沒有殺死Magneto，只是把他洗腦了，希望他能重過新生活，但這事卻被Brotherhood of Mutants的餘黨知道了，並把他救回，於是引發出新的故事《Ultimate War》。
